Ổ USB có thể gây ra các mối đe dọa bảo mật đáng kể khi bị nhiễm mã độc. Cắm một chiếc USB đã qua sử dụng hoặc không rõ nguồn gốc có thể tạo điều kiện cho phần mềm độc hại xâm nhập vào máy tính. Chuyên gia an ninh mạng khuyến nghị nên kiểm tra USB lạ trên máy tính khác và tránh kết nối với mạng để phòng tránh tấn công. Ngoài ra, USB có thể chứa spyware hoặc ransomware, mã hóa và tống tiền nếu người dùng không phát hiện kịp thời.
