Triển khai mô hình chính quyền hai cấp từ ngày 1/7 đã gặp nhiều khó khăn đối với các phòng kinh tế cấp xã trong xử lý các thủ tục hành chính thuộc lĩnh vực công thương. Sự lúng túng và thiếu chuyên môn trong xử lý công việc đã được thừa nhận bởi nhiều cán bộ cấp xã. Họ cho biết việc thực hiện các nhiệm vụ mới gặp nhiều khó khăn do thiếu kinh nghiệm và công cụ hỗ trợ cần thiết.

Một số địa phương đã gặp khó khăn trong việc tiếp nhận hồ sơ do chậm mở tài khoản ngân sách, thiếu kế toán trưởng hoặc chưa có người phụ trách đúng chuyên ngành. Những khó khăn này đã đặt ra thách thức lớn cho việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ của phòng kinh tế hạ tầng cấp xã.
Trước những khó khăn này, Bộ trưởng Bộ Công Thương Nguyễn Hồng Diên đã nhận định rằng chức năng, nhiệm vụ của phòng kinh tế hạ tầng cấp xã phải thực hiện là rất lớn và không tránh khỏi sự lúng túng và vướng mắc trong giai đoạn đầu. Để hỗ trợ các địa phương, Bộ Công Thương đã thành lập tổ công tác chuyên trách, thiết lập đường dây nóng và tổ chức tập huấn trực tuyến cho cán bộ công thương cấp xã, phường và đặc khu.
Bộ Công Thương cũng đã biên soạn hệ thống tài liệu hướng dẫn và cập nhật lên Cổng thông tin của Bộ và Cổng Dịch vụ công quốc gia để hỗ trợ các địa phương. Tuy nhiên, việc tiếp nhận và thực thi nhiệm vụ ở cấp xã vẫn còn những điểm nghẽn, bao gồm cả khó khăn về kỹ thuật và nhân lực.
Để tháo gỡ những khó khăn này, Bộ Công Thương cho biết sẽ tiếp tục cử lãnh đạo các Cục, Vụ xuống 34 tỉnh, thành phố để phối hợp tháo gỡ khó khăn và yêu cầu các Sở Công Thương địa phương rà soát và đào tạo lại đội ngũ cán bộ công thương cấp xã. Qua đó, Bộ Công Thương hy vọng sẽ giúp các địa phương khắc phục những khó khăn và vướng mắc, nâng cao hiệu quả thực hiện nhiệm vụ của phòng kinh tế cấp xã.